微生物指標是衡量食品質量安全、最常見、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定數(shù)量的微生物，不僅會使食物變質、腐敗、失去營養(yǎng)價值，而且還會危害人類的健康和安全。食品中常見的微生物主要包括常規(guī)菌（菌落總數(shù)、大腸菌群、大腸桿菌、霉菌、酵母菌等）；致病菌(沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、單核增生李斯特、副溶血性弧菌等)；其他菌（乳酸菌、雙歧桿菌、商業(yè)無菌、阪崎腸桿菌等）。

        食品致病菌是可以引起食物中毒或以食品為傳播媒介的致病性細菌。致病性細菌直接或間接污染食品及水源，人經口感染可導致腸道傳染病的發(fā)生及食物中毒以及畜禽傳染病的流行。食物中的致病菌是導致食品安全問題的重要來源。食品微生物中的致病菌限量是衡量食品安全標準的重要組成部份。食品安全國家標準《食品中致病菌限量》中制定了食品中各種致病菌的檢出量，在肉制品、水產制品、糧谷類制品、即食加工果蔬、飲料及冷凍飲品等多類食品中的限量要求，在主要常見致病菌中沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌、單核細胞增生李斯特氏菌、大腸埃希氏菌等檢出量要求中，大家所熟知的沙門氏菌的檢出量為0，也就是說上述食品產品中不允許檢測出沙門氏菌。