根據(jù)目前情報，本作的故事會以跟動畫不同的“另一個世界”為舞臺發(fā)展。

22世紀(jì)……
突然從網(wǎng)路世界誕生的“情報生命體”〈Innocent·Cloud〉，
操控著各處工廠、發(fā)電廠、公共交通運輸系統(tǒng)，以及軍火，開始對人類發(fā)起了壓倒性的攻擊行動。
〈Innocent·Cloud〉因何而生？又為什麼要與人類對立？
在致死率極高的生化武器被“它”廣泛使用下，
人們失去了高度情報通訊網(wǎng)、斷了彼此的聯(lián)繫，并在世界各地被逼得走投無路。
就在人類瀕臨滅亡之際，因尚未高度電子化而幸免感染的兵器之主“Synthetic”被推派出來，作為士兵向〈Innocent·Cloud〉展開反擊。
而這場戰(zhàn)爭也將在沒有人類的狀況下，永遠(yuǎn)的陷入膠著之中。
――2209年。
“你”作為要破壞〈Innocent·Cloud〉的新型兵器，在施打抗毒疫苗后作為指揮官，率領(lǐng)著 Synthetic 們潛入了敵人陣營之中。
在那裡，“你”發(fā)現(xiàn)了一位與巨大機器相連、瞳孔閃爍著火焰光芒的少女。
受到新型兵器暴走攻擊而跌進未知空間的“你”和少女，所要面臨的是……周回?zé)o數(shù)個“世界”、開始無止盡的戰(zhàn)斗之旅。